Yo creo que tu idea es realizable usando unas brutas llaves tipo inversoras pero de varias vias, que conmuten todos los hilos a la vez. A lo mejor hacen falta mas de una (no se si hay de 9 vias) por cada tipo de joystick, pero ....sería una solucion.
Te encargo la paciencia para cablear eso, ni hablar!
Otra podría ser una plaquita muy parecida a la de la foto, pero con un DB9 de entrada, un PIC y un DB9 de salida. Y quizas una fuente de alimentacion externa, eso tendría que pensarlo un poco viendo cada maquina.
Y unas llavecitas como las de la foto. Con las llavecitas indicas al PIC que tiene conectado en la entrada y que compu tiene en la salida, y el se encarga de hacer la "traduccion" de los movimientos del joystick y se los envia a la compu.
Puede ser como matar moscas a cañonazos, pero sería muy flexible y podrias usar casi cualquier joy en cualquier compu. Incluso -pensando en voz alta- se podría usar joy analogicos con equipos digitales y viceversa, al menos para manejar las direcciones en modo "todo o nada"
Saludos!